Tomber malade en CDD pose une question que le salarié en CDI ne se pose pas : que reste-t-il du contrat quand l’arrêt se prolonge ? Beaucoup pensent que l’arrêt « gèle » le contrat et repousse son terme. D’autres craignent au contraire que l’employeur profite de l’absence pour mettre fin au contrat avant la date prévue. Les deux idées sont fausses, et la réalité se situe entre les deux.
Ce guide suit l’ordre des questions qui se posent vraiment : la date de fin du contrat, la protection contre la rupture, les indemnités journalières de la Sécurité sociale, le complément de l’employeur, puis ce qui se passe quand l’arrêt dépasse le terme. Chaque règle est rattachée à son texte, avec sa version en vigueur.
📋 Les points clés : un arrêt maladie ne repousse pas le terme d’un CDD (article L1243-6 du Code du travail). L’employeur ne peut pas rompre le contrat à cause de la maladie. Les indemnités journalières débutent au 4e jour d’arrêt et continuent après la fin du contrat tant que l’arrêt est justifié. Le complément de salaire légal suppose en revanche un an d’ancienneté, ce que peu de CDD atteignent.
L’arrêt maladie repousse-t-il la fin du CDD ?
Non. Pendant l’arrêt, le contrat est suspendu : vous ne travaillez pas et l’employeur ne vous paie pas de salaire, sauf complément éventuel. Cette suspension ne change pas la date de fin. Un CDD conclu jusqu’au 31 décembre se termine le 31 décembre, que vous soyez en poste ou en arrêt ce jour-là.
« La suspension du contrat de travail à durée déterminée ne fait pas obstacle à l’échéance du terme. »
Article L1243-6 du Code du travail, version en vigueur depuis le 1er mai 2008, vérifiée le 30 septembre 2026
Mais tous les CDD n’ont pas une date de fin fixe. Un contrat de remplacement conclu « jusqu’au retour de Mme X » a un terme imprécis, lié au retour de la personne remplacée. Votre propre arrêt ne modifie pas ce terme non plus. Si la salariée remplacée revient pendant votre arrêt, votre contrat prend fin à ce moment. Et si votre contrat prévoit une durée minimale, cette durée continue de courir pendant l’arrêt. Relisez donc la clause de terme avant de tirer une conclusion.
L’employeur n’a aucune obligation de prolonger le contrat pour « compenser » les jours d’arrêt.
L’employeur peut-il rompre le CDD pendant votre arrêt ?
La maladie n’est pas un motif de rupture anticipée. Hors accord des deux parties, un CDD ne peut être rompu avant son terme qu’en cas de faute grave, de force majeure ou d’inaptitude constatée par le médecin du travail (article L1243-1 du Code du travail). Le salarié peut aussi le rompre s’il justifie d’une embauche en CDI (article L1243-2).
Si l’employeur rompt quand même le contrat en dehors de ces cas, il vous doit des dommages et intérêts au moins égaux aux rémunérations que vous auriez perçues jusqu’au terme, plus l’indemnité de fin de contrat (article L1243-4). Ce montant est un minimum. Un arrêt long n’est pas une force majeure. L’inaptitude, elle, ne peut venir que d’un avis du médecin du travail, jamais d’un simple constat de l’employeur sur votre absence. Pour les détails des cas de sortie anticipée, voyez notre guide pour rompre un CDD.
Pourtant, la question la plus sensible est souvent ailleurs : le renouvellement.
Un employeur n’est jamais tenu de renouveler un CDD pour maladie ordinaire. Mais refuser le renouvellement en raison de votre état de santé serait une mesure discriminatoire interdite par l’article L1132-1, qui vise expressément le renouvellement de contrat. La difficulté est probatoire : il faut des éléments qui laissent supposer ce lien, comme un renouvellement annoncé puis retiré juste après l’arrêt.
Quelles démarches faire dès le début de l’arrêt ?
Votre arrêt doit parvenir à la caisse primaire dans les deux jours qui suivent son début, lorsqu’il n’est pas transmis en ligne par le médecin (article R321-2 du Code de la sécurité sociale). Vous devez aussi prévenir l’employeur et lui adresser le volet qui le concerne. Le délai de 48 heures conditionne le complément de salaire de l’employeur (article L1226-1).
Ces démarches sont identiques en CDD et en CDI.
Mais en CDD, le retard pèse plus lourd. Un envoi tardif expose à une réduction des indemnités, et un contrat court laisse peu de temps pour régulariser. Depuis le 1er septembre 2026, la loi prévoit aussi que la durée d’une première prescription et celle d’une prolongation ne peuvent dépasser un plafond fixé par décret, qui ne peut être inférieur à un mois pour la première et à deux mois pour la prolongation, sauf justification médicale (articles L162-4-1 et L162-4-4). Si votre arrêt doit durer, attendez-vous donc à des prolongations successives. Gardez une copie de chaque avis et de chaque envoi.
Quelles indemnités journalières en CDD ?
Les indemnités journalières maladie sont versées à partir du 4e jour d’arrêt, après un délai de carence de trois jours (article R323-1). Elles valent la moitié du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers salaires divisés par 91,25 et plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel (articles R323-4 et R323-5).
Le CDD ne vous prive pas de ce droit, mais il faut remplir les conditions d’ouverture au jour de l’interruption de travail (article R313-1). Pour les six premiers mois, vous devez avoir travaillé au moins 150 heures au cours des trois mois civils ou des 90 jours précédents, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le Smic horaire au cours des six mois civils précédents (article R313-3). Au-delà de six mois d’arrêt, les conditions se durcissent. Un premier CDD très court peut donc ne pas ouvrir de droits. Et un enchaînement de contrats courts peut, au contraire, suffire largement.
Or une limite générale s’ajoute pour la maladie ordinaire : 360 indemnités journalières au plus sur une période de trois ans (article R323-1, dans sa version issue du décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026).
💡 Bon à savoir
Depuis la loi du 22 avril 2024, un arrêt maladie d’origine non professionnelle fait acquérir des congés payés : deux jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours par période de référence (article L3141-5-1 du Code du travail). En CDD, ces jours non pris se retrouvent dans l’indemnité compensatrice de congés payés versée à la fin du contrat.
Le complément de salaire de l’employeur est-il dû en CDD ?
Le complément légal suppose une année d’ancienneté dans l’entreprise (article L1226-1 du Code du travail). La plupart des salariés en CDD n’y ont donc pas droit au titre de la loi. Pour ceux qui l’atteignent, il porte l’indemnisation à 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours (article D1226-1).
Le complément ne démarre qu’après sept jours d’absence en cas de maladie ordinaire, mais dès le premier jour pour un accident du travail ou une maladie professionnelle (article D1226-3). Les durées augmentent de dix jours par tranche de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année (article D1226-2). Le texte exclut aussi les salariés saisonniers, intermittents, temporaires et travaillant à domicile. Il faut encore avoir justifié l’arrêt dans les 48 heures et être pris en charge par la Sécurité sociale. Ainsi, en pratique, c’est votre convention collective qui fait la différence, car beaucoup réduisent ou suppriment la condition d’ancienneté.
Le tableau suivant compare les deux situations.
| Question | Maladie ordinaire en CDD | Accident du travail ou maladie professionnelle en CDD | Référence |
|---|---|---|---|
| Report du terme | Non | Non | L1243-6, L1226-19 |
| Carence des indemnités journalières | 3 jours | Aucune, versement dès le lendemain | R323-1, L433-1 CSS |
| Complément légal de l’employeur | Après 7 jours, si un an d’ancienneté | Dès le 1er jour, si un an d’ancienneté | L1226-1, D1226-3 |
| Refus de renouvellement prévu au contrat | Interdit s’il est motivé par l’état de santé | Seulement pour un motif réel et sérieux étranger à l’accident ou à la maladie | L1132-1, L1226-19 |
Code du travail et Code de la sécurité sociale, versions en vigueur au 30 septembre 2026, vérifiées sur Légifrance.
Que se passe-t-il quand l’arrêt dépasse le terme du contrat ?
Le contrat prend fin à la date prévue et l’employeur vous remet vos documents de fin de contrat. Vos indemnités journalières, elles, continuent. Le droit s’apprécie au jour de l’interruption de travail, et l’Assurance maladie indique que la fin du contrat n’a pas d’influence sur leur versement tant que l’arrêt est médicalement justifié.
Le complément de l’employeur pose une autre question. À notre lecture, l’article L1226-1 vise le salarié absent de son travail. Une fois le contrat terminé, cette base disparaît, sauf stipulation plus favorable de la convention collective ou garantie de prévoyance maintenue. Le texte ne tranche pas expressément ce point. Vérifiez le contrat de prévoyance de l’entreprise, qui peut prévoir un maintien des garanties après la rupture sous conditions. Et demandez par écrit à l’employeur ce qu’il compte verser au-delà du terme.
L’indemnité de fin de contrat reste due si aucun CDI ne suit.
Elle est égale à 10 % de la rémunération totale brute versée pendant le contrat (article L1243-8). Les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne sont pas une rémunération versée par l’employeur, elles n’entrent donc pas dans cette base. Un long arrêt réduit mécaniquement le montant de cette prime, sans que personne ait commis d’erreur. Contrôlez la ligne sur votre dernier bulletin avec le solde de tout compte.
🧩 Cas d’école (situation fictive)
Prenons un agent logistique imaginaire en CDD de six mois, sans ancienneté antérieure. À un mois du terme, il se casse le poignet en jouant au football. Son arrêt est prescrit pour huit semaines.
Son contrat s’achève à la date prévue. Il perçoit des indemnités journalières à partir du 4e jour, qui continuent après le terme. Aucun complément légal ne lui est dû, faute d’un an d’ancienneté. Sa prime de précarité est calculée sur cinq mois de salaire au lieu de six. Qui porte le risque ? Le salarié, pour la plus grande part de la perte de revenus, sauf convention collective ou prévoyance plus généreuse.
Ce cas montre que les droits du CDD pendant un arrêt reposent d’abord sur la Sécurité sociale, et que le texte conventionnel est la seule marge de gain.
Et si l’arrêt vient d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle ?
Le terme n’est toujours pas reporté (article L1226-19 du Code du travail). Mais deux protections s’ajoutent. Si votre contrat prévoit une clause de renouvellement, l’employeur ne peut refuser de renouveler pendant l’arrêt que pour un motif réel et sérieux étranger à l’accident ou à la maladie. Et les indemnités journalières sont versées sans carence.
À défaut de motif valable, l’employeur doit une indemnité au moins égale aux salaires et avantages que vous auriez perçus jusqu’au terme de la période de renouvellement prévue. En cas d’inaptitude d’origine professionnelle constatée par le médecin du travail, l’employeur doit chercher à vous reclasser. S’il rompt le contrat faute de reclassement possible, vous avez droit à une indemnité au moins égale au double de l’indemnité légale de licenciement (article L1226-20). Cependant, ces règles supposent que l’origine professionnelle soit reconnue. Pour une maladie liée à l’épaule, par exemple, voyez comment se joue la reconnaissance d’une tendinopathie du supra-épineux.
La clause de renouvellement devient alors une protection concrète.
🚫 Piège classique : « mon CDD sera prolongé de la durée de mon arrêt »
Aucun texte ne prévoit ce report, ni pour la maladie ordinaire ni pour un accident du travail. Le contrat s’arrête à son terme. La bonne approche consiste à regarder s’il existe une clause de renouvellement, puis à anticiper la fin du contrat : documents de fin de contrat, indemnité de précarité, congés payés acquis pendant l’arrêt.
Ce que vous pouvez vérifier vous-même
Trois documents suffisent à situer vos droits : votre contrat, pour la clause de terme et de renouvellement, votre convention collective, pour le complément de salaire, et vos bulletins, pour vérifier la prime de précarité et les congés. Sans eux, personne ne peut dire ce qui vous est dû, et ce guide non plus.
Et c’est rarement la loi seule qui fait la différence en CDD. Le Code garantit que le contrat ne sera pas rompu à cause de la maladie et que les indemnités journalières continueront. Le reste, du complément de salaire à la prévoyance, se négocie dans les accords de branche et d’entreprise. Les élus du CSE peuvent d’ailleurs demander comment la prévoyance couvre les salariés en contrat court. Un délégué syndical ou l’inspection du travail peut vous aider à lire ces textes.
Pour les règles générales d’indemnisation, consultez notre guide de l’arrêt maladie. Si votre employeur envisage de vous garder, lisez nos explications sur le renouvellement d’un CDD. Et si les contrats s’enchaînent sur le même poste, vérifiez les conditions d’une requalification en CDI.
Le levier démontrable reste votre convention collective : c’est elle, bien plus que la loi, qui décide si votre arrêt en CDD sera complété par l’employeur.
Questions fréquentes
Un arrêt maladie prolonge-t-il un CDD ?
Non. L’article L1243-6 du Code du travail prévoit que la suspension du contrat ne fait pas obstacle à l’échéance du terme. Le CDD se termine à la date prévue, même si vous êtes en arrêt.
Mon employeur peut-il rompre mon CDD parce que je suis malade ?
Non. Hors accord des parties, la rupture anticipée n’est possible que pour faute grave, force majeure, inaptitude constatée par le médecin du travail ou embauche du salarié en CDI. Une rupture irrégulière ouvre droit à des dommages et intérêts au moins égaux aux salaires restant dus jusqu’au terme.
Les indemnités journalières continuent-elles après la fin du CDD ?
Oui, si vous remplissiez les conditions d’ouverture au jour de l’arrêt. Le versement se poursuit tant que l’arrêt est médicalement justifié, dans la limite des durées maximales d’indemnisation.
L’employeur doit-il compléter mes indemnités en CDD ?
Le complément légal suppose un an d’ancienneté dans l’entreprise. Sans cette ancienneté, seule votre convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir un maintien de salaire.
